تمت الموافقة على إنشاء المؤسسة من قبل الجمعية العامة للشبكة الأورو-متوسطية لحقوق الإنسان التي عقدت في مالطا في كانون الأول/ديسمبر 2003. حيث وكلت الجمعية العامة اللجنة التنفيذية التابعة للشبكة بوضع النظام الأساسي وإطلاق المؤسسة.
وفي شهر تشرين الأول/أكتوبر 2004، وافقت مديرية الخدمات المدنية الدنماركية (Civilretsdirektoratet) على النظام الأساسي للمؤسسة بما في ذلك أن يكون عضو واحد من أعضاء مجلس الأمناء السبعة أو التسعة مواطنا دنماركيا.
تبنت اللجنة التنفيذية النسخة النهائية للنظام الاساسي بصفة رسمية في اجتماعها العادي المنعقد في لاهاي بتاريخ 29-31 تشرين الاول 2004, كما حددت سبعة من اصل تسعة لعضوية مجلس الامناء. ومنحت اللجنة صلاحيات تسجيل المؤسسة الى رئيس الشبكة ومديرها التنفيذي
قامت الشبكة الأورو-متوسطية لحقوق الإنسان بإطلاق المؤسسة الأورو-متوسطية لدعم المدافعين عن حقوق الإنسان بتاريخ 9 كانون الأول/ديسمبر 2004.